Il software per la programmazione di Arduino, noto come Arduino IDE (Integrated Development Environment), è un ambiente di sviluppo facile da usare che permette di scrivere, compilare e caricare il codice sulla scheda. Questo software, basato sul linguaggio di programmazione C++, è stato semplificato e arricchito di funzioni per rendere la programmazione accessibile anche ai principianti. Include un editor di testo, un'area messaggi, una console di testo per la diagnostica e un insieme di pulsanti per le funzioni più comuni come la verifica del codice, il caricamento sulla scheda e la creazione di nuovi file.
Il linguaggio di programmazione principale utilizzato per scrivere gli "sketch" (programmi) per Arduino è basato su C++, ma con una sintassi semplificata e specifiche funzioni predefinite che lo rendono più accessibile. Questo linguaggio viene spesso chiamato semplicemente linguaggio di programmazione di Arduino.